Dopo avere vinto i concorsi Milano/Milhaud (Milano, Pomeriggi Musicali, 1994), e Carlo Mosso (Asti, 1996), è stato assistente di Lorenzo Ferrero e di Ludovico Einaudi. La sua musica è stata trasmessa da televisioni e radio europee ed eseguita da diversi solisti e ensembles, quali: Antonella Ruggiero, Cristina Zavalloni, Orchestra dell'Arena di Verona, Orchestra Cantelli, Orchestra Sinfonica Nazionale Ceca, Orchestra Giovanile del Piemonte, Ensemble Sonata Island, Duo Les Divertissements, Arkè Quartet, Duo Harp&Piano, Ensemble Musicamorfosi, altri.

E’ stato ospite per due anni della rassegna Primaverona, festival di musica contemporanea organizzato dalla Fondazione Arena di Verona, su commissione della quale ha scritto i brani Grifo (1999) Verso est (1999) e Il fiore in tasca (2000, con la voce di Cristina Zavalloni), tutti eseguiti da formazioni cameristiche dell’orchestra dell’Arena di Verona. In seguito ha ricevuto dalla Fondazione la commissione per l’opera lirica Ulisse innamorato.

Primo disegno di Leonardo (1997), per arpa e pianoforte, fa parte del CD Ten for two, raccolta di musiche compositori italiani interpretate dal duo arpa e pianoforte di Luisa Prandina e Anna Mortara pubblicato dalla BMG.

Tra i lavori recenti: la colonna sonora di Un filo intorno al mondo, cortometraggio di Sophie Chiarello con Aldo, Giovanni e Giacomo; Ultramarine, una serie di brani per pianoforte ispirata alle ultime poesie del poeta americano Raymond Carver; Komarowsky waltz, nella colonna sonora del remake di Doctor Zhivago, sceneggiatura di Andrew Davies, con Sam Neill e Keira Knightley per la regia di Giacomo Campiotti; Festa!, l'inno ufficiale della Festa della Musica di Milano, inserito tra i dieci migliori brani nella categoria world per il 2002 dalla USA Songwriting Competition; Hala Vala, per orchestra scolastica e coro, rivolto agli studenti delle scuole medie. Hala Vala è stato eseguito per la prima volta nella Sala Grande del Conservatorio Giuseppe Verdi di Milano nel 2003, ripreso nel 2005 al Teatro Smeraldo di Milano e in diverse occasioni nel 2006.

Per il teatro ha scritto: Parallelo Zero (2000), opera con Antonella Ruggiero, prodotta e messa in scena dal Piccolo Teatro di Milano; Ulisse innamorato (2000), opera per ragazzi in un atto con libretto di Giulia Calenda, prodotta e messa in scena dalla Fondazione Arena di Verona; Manuale d'istruzioni (1997), tratto da un racconto di Julio Cortàzar.

Notte, un aria di Parallelo Zero, è stata incisa da Antonella Ruggiero, è inclusa nel suo album Sacrarmonia - Luna Crescente, e viene spesso eseguita dalla cantante in concerto.

Collaborazioni cinematografiche: Liberate i pesci, regia di Cristina Comencini, 1999. Doctor Zhivago, regia di Giacomo Campiotti, 2002. Sotto falso nome, regia di Roberto Andò, 2004. La vita che vorrei, regia di Giuseppe Piccioni, 2004. Un filo intorno al mondo, regia di Sophie Chiarello, 2006.

La musica di Sebastiano Cognolato è pubblicata da Casa Musicale Sonzogno di Piero Ostali, da RTI Music e da Tranquilo Edizioni.